Primer título (1979)
El club conseguiría su primer título en su historia en 1979. Bajo las órdenes de Ángel Ramón Rodríguez, Marathón fue en busca del primer título de campeón en Honduras para el Torneo 1979.
Con figuras como Roberto “Robot” Bailey, Arturo “Pacharaca” Bonilla, Francisco Javier Toledo, Celso Güity, Efraín “Pucho” Osorio, Ramón “Albañil” Osorio, René “Maravilla” Suazo, Jorge Alberto “Cuca” Bueso, Félix Carranza, Jorge Phoyoú (uruguayo), Alberto Merelles (argentino), Juan Carlos Weber (argentino) y otros, el club se mantuvo en el primer lugar de las vueltas regulares, teniendo asegurada su clasificación a la final.
Segundo título (1985)
Pasaron seis años para que Marathón consiguiera un nuevo título. Este se consiguió en 1985. En ese entonces, Gonzalo Zelaya (quien dos años antes fue campeón con el Club Deportivo y Social Vida) de La Ceiba) era el entrenador del equipo sampedrano. En la temporada regular, Marathón fue segundo de su grupo detrás del Club Deportivo Olimpia en la diferencia de goles.
En la cuadrangular final, Marathón fue el campeón con 4 victorias, 1 empate y tan sólo 1 derrota ante sus rivales: Vida, Motagua y Olimpia. En el partido decisivo en San Pedro Sula, en el Estadio Francisco Morazán, Marathón se enfrentó al Vida. Con un gol del volante Roy Padilla Bardales, el cuadro esmeralda ganó 1-0 y se coronó por segunda vez en su historia.
Tercer título (2002)
Marathón tuvo una sequía de casi 17 años sin ningún título de Liga Nacional, lo que le hizo ganarse el apodo de “equipo sufrido”. Sin embargo, a comienzos del nuevo siglo (Siglo XXI), el club empezó a tener un resurgimiento. Esto gracias a que, en el año 2001, el técnico hondureño José de la Paz Herrera (mejor conocido como Chelato Uclés) empezó un proyecto de renovación en el plantel. Armando un equipo sin tanta fama, el señor Uclés llevó al Marathón otra vez a la cima; lo convirtió otra vez en un equipo grande. En su segundo torneo (Apertura 2001) con Marathón, Chelato Uclés llevó al equipo verdolaga hasta la final, que perdió contra Motagua por penales (5-3). Sin embargo, el gran trabajo del Marathón fue aplaudido y reconocido por varios periodistas, aficionados y técnicos en el país debigo a su fútbol ofensivo y vistoso.
Cuarto título (2003)
Solo pasaron 13 meses para que Marathón volviera a conseguir otro título en la década de 2000. Este nuevo torneo lo conquistó en el 2003, más precisamente el 1 de junio de ese año. En el Clausura 2003, los “verdes” fueron dirigidos por el brasileño Flavio Ortega. Ortega sustituyó al argentino Miguel Angel Lemme, que fue separado a mediados del torneo. Flavio Ortega levantó al equipo verdolaga para ponerlo finalmente en la segunda posición de la vueltas regulares (sólo superado por el Olimpia).
En las semifinales, Marathón enfrentó al Real España. En el partido de ida ambas escuadras empataron 1-1; Henry Jiménez adelantó al Real España, pero Pompilio Cacho empató para los esmeraldas. En el juego de vuelta, jugado en el Estadio Olímpico de San Pedro Sula, volvieron a empatar 1-1.
Torneo Clausura 2009
´En el Torneo Clausura 2009, durante las dos vueltas regulares el Campeón del Torneo Clausura 2009 Marathón quedó en segundo lugar con 31 puntos, superado por el Club Deportivo Olimpia que acumuló 34 puntos. Marathón perdió el 1.º lugar en la última fecha perdiendo 1 a 2 frente al Club Deportivo Vida. Marathón anotó 41 goles para convertirse en el equipo que más goles anotó, para un promedio de 2.44 goles por partido, resaltando las goleadas propinadas al Club Deportes Savio, Club Deportivo Hispano y Club Deportivo Motagua de 4-1, 4-0 y 6-3 respectivamente.
Sin embargo, también recibió 22 goles en las dos vueltas regulares, resaltando una goleada de 1-4 recibida de parte del Club Deportes Savio.
Torneo Apertura 2008-2009
Marathón quedó Campeón del Torneo Apertura 2008-2009, título obtenido el 13 de diciembre de 2008 en la ciudad de San Pedro Sula al enfrentarse al Real España, siendo su cuarta final consecutiva.
En el Torneo Apertura 2008-2009, durante las dos vueltas regulares quedó en segundo lugar con 32 puntos, superado por Real España que acumuló 38 puntos.
El Miércoles 2 de diciembre de 2008; Marathón se clasificó a la Gran Final del Torneo Apertura 2008-2009 derrotando en Semifinales al CD Motagua de Tegucigalpa 1×0.- Dicho juego se llevó a cabo en el Olímpico Metropolitano de San Pedro Sula.
Torneo Apertura 2009-10
Honduras tiene nuevamente una navidad verde, luego de que Marathón se coronase campeón el 25 de noviembre del 2009 en San Pedro Sula, luego de enfrentarse al Club Deportivo Olimpia en la gran final del torneo Apertura 2009. Marathón es uno de los mejores equipos en este nuevo siglo al obtener su octava copa de campeón (sexta desde el año 2002).
Semi-Finales
Marathón terminó en primera posición en las vueltas regulares y se enfrentó en semifinales a su vecino de la ciudad Real España que terminó en cuarta posición. Marathón se clasificó a la gran final derrotando al Real España en su propio estadio (2×1), y luego perdiendo en el olímpico con polémico arbitraje (1×2), con marcador global de 3×3, accediendo a la gran final por haber quedado mejor posicionado durante la fase clasificatoria o vueltas regulares. Gran Final El 22 de noviembre Marathon visitó en Nacional de Tegucigalpa en el partido de ida de la gran final ante el Olimpia.